Huyện được thành lập năm 1994 thông qua việc hợp nhất các huyện cũ Eisenberg, Jena và Stadtroda. Khi huyện Roda (sau này là Stadtroda) được lập năm 1922, huyện này đã bao gồm khu vực hiện nay của Saale-Holzland. Năm 1952, huyện được chia thành 3 phần nhưng lại được hợp nhất vào năm 1994.